Les arrêtés de protection de biotope visent à protéger les habitats nécessaires à l’alimentation, à la reproduction, au repos ou à la survie d’espèces protégées. Les mesures qu’ils fixent permettent de favoriser la protection ou la conservation de biotopes, qui peuvent être par exemple :

des haies, marécages, marais, bosquets, landes, dunes, pelouses, récifs coralliens, mangroves, ou toutes autres formations naturelles peu exploitées par l’homme ;

mais aussi des bâtiments, ouvrages, mines et carrières (sous certaines conditions), ou tous autres sites bâtis ou artificiels, à l’exception des habitations et des bâtiments à usage professionnel.

Les arrêtés de protection de biotope sont pris :

par le préfet, lorsque sont concernés des espaces terrestres,

ou par le représentant de l’État en mer, pour les espaces maritimes,

avec cosignature du préfet de département concerné si les mesures prise en mer concernent du domaine public maritime.

Les mesures ainsi prises par arrêté peuvent entre autres interdire certaines actions pouvant porter atteinte à l’équilibre écologique des milieux (ex : interdiction de destructions de talus et de haies…). Suivant leur contenu, ces arrêtés peuvent donc avoir pour effet d’interdire, le cas échéant, certaines actions préalables à des constructions ou aménagements (par exemple, en cas d’interdiction d’affouillement, de destruction, d’assèchement de zones humides…) ou certains des types de constructions (en tant qu’activités pouvant porter atteinte aux équilibres biologiques)